La stomatite colpisce qualunque fascia di età, dai neonati agli anziani.
Le cause che provocano la stomatite possono essere numerose. Traumi persistenti che possono irritare la mucosa orale in caso di protesi incongrue, denti cariati o fratturati, morsicamenti delle guance. La respirazione orale dovuta ad ostruzione delle vie nasali può causare secchezza delle mucose orali con conseguente irritazione. Infezioni erpetiche, gonorrea leucemia, AIDS, carenza di vitamina C possono presentarsi con i segni tipici della stomatite. La stomatite aftosa è una specifica forma che si presenta con gonfiore, ulcere dolorose, da puntiformi fino al diametro di 2.5 cm, localizzate sulle labbra, guance, gengive, palato e pavimento del cavo orale. La causa di tale affezione è sconosciuta, si pensa possa essere conseguenza di deficit alimentari, in particolare di vitamina B12, Acido Folico, ferro.

Alcune forme generalizzate di stomatite sono conseguenza di un uso eccessivo di alcool, cibi speziati o eccessivamente caldi, tabacco.
A volte la causa dell'irritazione va ricercata in una reazione d'ipersensibilità a sostanze contenute in collutori, dentifrici, stick labiali
Stomatiti possono essere causate dall'esposizione a metalli pesanti, come mercurio, piombo, bismuto.
La terapia della stomatite dipende dall'individuazione, non sempre facile, della causa che ne è all'origine.
La medicina naturale offre un aiuto efficace nel trattamento della stomatite aftosa e, in generale, delle manifestazioni della stomatite: la tintura di calendula (Calendula officinalis) diluita sotto forma di collutorio per sciacqui orali.